Cresciuto a San Diego, Speer si è laureato alla USC con una laurea in Cinema e Televisione. Poco dopo ha creato diversi acclamati video musicali per artisti come Will.i.am, Jordin Sparks e Jason Derulo. E' stato premiato con un MVPA Award nel 2006 come Director of the Year per il video Stars di Switchfoot e nel 2007 ha vinto il suo primo MTV Video Music Award per il suo lavoro in Bella Traicion della pop star messicana Belinda. Sono seguiti spot pubblicitari e campagne nazionali per Colgate, Sara Lee e Buick. Inoltre, Scott è stato premiato dalla Gospel Music Association con due premi Dove per Stars e Boomin di tobyMac.

Ha debuttato alla regia con il film Step Up Revolution del 2012 e nel 2014 è stato produttore esecutivo di Step Up All In. Nel 2018 termina il suo terzo lungometraggio, Status Update, con Ross Lynch a cui segue Come il sole a mezzanotte, con Bella Thorne, che dirigerà anche in Break My Heart 1000 Times, un thriller romantico soprannaturale ambientato nove anni dopo un evento apocalittico che ha ucciso milioni di persone e lasciato il mondo abitato da fantasmi.

Ha pubblicato il romanzo Immortal City nel 2012. Nell'aprile del 2013 ha pubblicato il suo secondo libro Natural Born Angel e nel 2014 ha concluso la trilogia con Battle Angel.

In TV, Speer ha diretto diversi episodi di Finding Carter di MTV, oltre a diversi episodi di Eye Candy e Scream di MTV.