Francesco Montagner è nato a Treviso nel 1989, ha studiato regia di documentario presso la rinomata scuola di cinema di Praga, FAMU, in Repubblica Ceca. Nel 2014 ha diretto e prodotto Animata resistenza, il suo documentario di debutto sulla vita e l'opera del famoso animatore italiano Simone Massi. Il film è stato presentato alla 71° Mostra del Cinema di Venezia e premiato con il Venice Classics Award per il miglior documentario sul cinema.

Francesco Montagner insegna regia del documentario nella scuola FAMU International di Praga.